НИМ е създаден с разпореждане на Бюрото на Министерския съвет на НРБ през 1973 г. Първата експозиция е открита през 1984 г. в сградата на Съдебната палата в София в чест на 1300-годишнината от създаването на българската държава.
По решение на Министерския съвет от 15.4.1998 г. на музея е предоставен Дом № 1 в държавната резиденция Бояна. Новата експозиция е тържествено открита от министър-председателя Иван Костов на 29 юни 2000 г.
- Основна експозиция
- Зала 1: Праистория (VII – II хил. пр. Хр.)
- Зала 2: Българските земи от края на VІ в. пр. Хр. до VІ в. сл. Хр.
- Зала 3: Българската държава през средновековието (VІІ–ХІV в.)
- Зала 4: Българските земи през османското владичество (1396-1878)
- Зала 5: Трето българско царство (1879–1946 г.)
- Зала 8: Аполония
- Зала 9: Българска народна култура
- Зала 10: Монетна колекция
- Зала 11: Българската къща през Възраждането
