История
Сегашният манастир се намира в близост до село Пастра – 
недалеч от мястото на първоначалното му изграждане. Покрай него тече Рилска река. Това е най-големият манастир в България – 5 етажа, като видими са 4 от тях. Тази особеност на сградата се обяснява с ограниченията, наложени от османската власт през 1834 г., когато са строени сегашните сгради. В партерния етаж се разполага музеят. В магерницата се е приготвяла храната за монасите.
Манастирът „Свети Иван Рилски“ е построен на мястото на стара постница през 927 – 941 г. от Иван Рилски (според някои автори – от неговите ученици) в Рилапланина. В двора на днешния манастир през 1335 г. е издигната отбранителна кула и малка еднокорабна черква от местния феодален владетел протосеваст Хрельо. Кулата е най-старата запазена сграда в манастирския комплекс и по стил принадлежи към архитектурата на Търновската художествена школа. На върха на кулата се намира параклисът „Св. Преображение“ с ценни фрески от 30-те години на 14 век.
Цар Иван Шишман (1371 – 1393 г.) издава на 21 септември 1378 г. Рилската грамота, подписана и подпечатана със златен печат, с която дава на манастира като феодални владения 20 села, заедно със землищата им.
Още през 1402 г. османското правителство нарежда на кюстендилския кадия да потвърди съществуващите от по-рано права на обителта. Данъчен регистър от 1520 – 1521 г. изрежда поименно 21 живеещи там монаси.[1] През 1469 г. с помощта на Мара Бранкович мощите на св. Иван Рилски са пренесени обратно от Търново в Рилския манастир.
Още с основаването си манастирът става книжовно и просветно средище. Голяма педагогическа дейност в него развива Неофит Рилски, който през възражданетоосновава тук килийно училище. Манастирът дава подслон на велики български революционери, сред които Васил Левски, Ильо войвода, Гоце Делчев, Пейо Яворов и др.
През 1778 г. манастирът „Св. Иван Рилски“ става жертва на стихиен пожар. Възобновен е през 1784 г. от Алекси Рилец, който през 1816 – 1819 г. проектира и строи източното, северното и западното крило. Значителна част от манастира е опожарена отново през 1833 г., като възстановяването му отново е извършено от Алекси под ръководството на тогавашния игумен Йосиф Строителя. През 1840 г. е изработен нов иконостас на църквата от Петър Филипов, Антон Станишев и Димитър Станишев.[3]
Днес ансамбълът на манастира обхваща територия от 8800 m², от които 5500 m² застроена площ. Манастирските крила, изградени по различно време на 4 и 5 етажа, заобикалят от всички страни единствения двор във форма на неправилен петоъгълник.
Набези и опустошавания
По време на османското робство манастирът е слабо укрепен и бива честа жертва на набези. „… и мъчно било веке да се увардят такива пустинни монастире от главните и частните слодейства, от които и на сегашньото време еще страдат, а колми паче тогава“.
- На 16 август 1778 г. манастирът е опустошен от разбойници. “ В лето от Христа 1778, месеца августа, 16 ден, освитающу четвертку, третий пут оплениха святий монастир преклетий арнаути 30 души, и изгориха до основания все здание, кроме пирга и церкве. Тогда бяше ридание и жалост, игоре и уви! Во время царя агарянскаго султан Хамида.„.
- През 1818 г. манастирът е обновен изрядно, но през 1819 г. е заобиколен от 800 души редовна османска войска и ограбен.
- През 1821 г. след въстанията в Гърция, манастирът е ограбен отново от редовната войска.
- На 12 януари 1833 г. манастирът изгаря след пожар: “ изгоре всикото здание монастирско кроме пирга и церкве „.
- През лятото на 1846 г. десетина разбойници заколват петима от манастирския чифлиК.
Рилски конгрес на ВМОРО
Освен че манастирът е давал подслон, в него са се провеждали заседания. През октомври 1905 г. в манастира цял месец е траел Рилският конгрес – общ конгрес на Тайната македоно-одринска революционна организация (ВМОРО), на който се дава оценка на досегашната дейност на организацията на Илинденското въстание, а има и бурни дискусии относно бъдещето на ВМОРО. За председател на конгреса е бил определен изтъкнатият лидер Даме Груев, а в конгреса са участвали видни български революционери като Христо Чернопеев, Яне Сандански, Пере Тошев, Гьорче Петров, Борис Сарафов, Георги Попхристов, Петър Кушев, Мише Развигоров,Климент Шапкарев, Павел Христов, Добри Даскалов, Лазар Томов и др. След Рилския конгрес се стига до разцепление в Организацията, което става окончателно след героичната гибел на Груев през 1906 г.
Рилският манастир, в т.число Хрельовата кула, църквата, манастирските сгради и църквата „Свети Лука“ са обявени през 1927 г. за „народна старина“ („Държавен вестник“, бр.69 от 1927 г.).
През 1968 г. Хрельовата кула е обявена за архитектурно-строителен паметник на културата от Средновековието („Държавен вестник“, бр.77 от 1968 г.).
На 7-та сесия на Комитета за световно наследство към ЮНЕСКО
, проведена от 5 до 9 декември 1983 г. във Флоренция (Италия), Рилският манастир е обявен за обект на световното културно наследство. В Рилския манастир се пазят ръкописи, старопечатни книги, документи от 14 век – 19 век, а в музея – много старинни предмети, като черковна утвар, жезли, икони, оръжия, монетна колекция и др.
