Секторна програма „Коменски” е насочена към първата фаза на образованието – от предучилищната и началната до гимназиалната степен. Участници в нея са 
учениците, учителите, ръководните и административните кадри, както и представители на образователната власт, родителски асоциации, неправителствени организации и всички, развиващи дейност в сферата на средното образование. Участието в секторна програма „Коменски” допринася за повишаване качеството на училищното образование, формиране на личността на учениците и развитие на компетенциите на базата на чуждоезиковото обучение. Програмата обхваща няколко основни дейности, всяка една от които предоставя различни възможности за повишаване на качеството на преподаването, засилване на европейските измерения в училищния живот, подпомагане на езиковото обучение и мобилността.
Цели
* усъвършенстване качеството на училищното образование и процесите на формиране на личността на учeниците;
* развитие на компетенциите на базата на чуждоезиковото обучение;
* активизиране използването на информационните и комуникационни технологии;
* развитие на граждански активно общество.
Оперативни цели
* подпомагане на международното сътрудничество и обмяната на опит между институциите и кадрите, заети в сферата на средното образование;
* насърчаване на разпространението на добрата педагогическа практика и на нововъведенията в управлението на училищата;
* поощряване на иновациите в педагогическите методи и средства;
* поощряване на равните възможности във всичките аспекти на образованието;
* подпомагане на интеграцията на ученици със специални образователни потребности (деца с увреждания) и на деца от малцинствени групи;
* насърчаване използването на информационни и комуникационни технологии и повишаване квалификацията на кадрите в сферата на средното образование;
* стимулиране на чуждоезиковото обучение.
