С времето възникват редица проблеми с теорията на Големия взрив. Днес някои от тях представляват само исторически интерес и са избегнати или чрез модификации на теорията, или в резултат на по-добри наблюдения. Други въпроси, като например проблемът с галактиките джуджета, не се смятат за фатални, тъй като могат да бъдат разрешени чрез прецизиране на теорията. Някои противници на Големия взрив сочат тези проблеми като модификации на парче и кръпки на теорията. Най-често атакувани са частите от стандартната космология, свързани с тъмна материя, тъмна енергия и космическа инфлация. Те са добре потвърдени от наблюдения на реликтовото излъчване, едромащабната структура и свръхнови от тип Ia, но остават на границата на физичните изследвания. Все още няма консенсус за природата на тъмната материя, тъмната енергия и инфлацията. Макар че гравитационните им ефекти са обяснени чрез наблюдения и теоретично, те все още не са отразени по общоприет начин в стандартния модел на физиката на частиците.

Съществува малък брой привърженици на нестандартни космологии, смятащи, че изобщо не е имало Голям взрив. Макар че някои аспекти на стандартната космология не са добре обяснени от стандартния модел, повечето физици приемат, че съгласуването на теорията за Големия взрив с наблюденията твърдо потвърждава основните ѝ части.