Основната история е се развива на карибите през 18-ти век по време на Златния век на пиратството и следва известния уелски пират Едуард Кенуей. Опитът за установяване на утопия на пирати без британско или испанско влияние е важен елемент на сюжета.
Играта се разпростира в Карибите с трите главни града на Хавана, Насау и Кингстън, както и множество острови, потънали кораби и крепости. Играчите имат възможността да ловуват големи морски животни и сухоземни животни. За първи път в поредицата, изследване на моретата е основна част от играта на Assassin’s Creedс Едуард Кенуей е капитан на кораба „Джакдау“.
