Минералните води в Рила са свързани предимно с дълбоките разломни структури на земната кора. В подножието на планината извират горещи минерални извори, най-известният от които се намира в Сапарева баня. Водата изскача във 
вид на гейзер с максимална температура от 101,4°С. Това е най-горещият извор у нас и единственият гейзер на Балканите.
В долината на р. Бели Искър е изграден най-големият рилски язовир „Бели Искър“, от който част от София се снабдява с питейна вода. Водите на язовира се използват и за производство на електрическа енергия.Друг голям язовир е Белмекен по поречието на река Сестримска. Стената му е изградена на надморска височина 2000 м и това го прави най-високият язовир с насипна стена на Балканския полуостров.
