Българските траколози категорично отказват да наричат обекта „Перперикон“, защото това е доста по-късното му наименование, дадено на мястото вероятно от римските завоеватели на Тракия. Перперек е древнотракийското название на обекта и според проф. Александър Фол е единственото му възможно название. В една своя лекция-разговор в Астрономическата обсерватория „Юрий Гагарин“ (Стара Загора), проведена на 11 февруари 2004 г., „бащата на тракологията“ изрично подчертава, че „пер“ и „бер“ идват от индоевропейското „пер“, което е „пир“ на хетски език и означава „скала“. Според проф. Фол, удвоеното „пер“ при названието Перперек е: „с много мощно значение на един скален връх и светилище„. Перперикон е късното име, което се появява през византийската епоха.
Според Николай Овчаров късното наименованието на мястото Перперикон е свързано със златните монети перпера, известни и като златица в средновековна България.
