Църквата „Св. Йоан Богослов“ в Земенския манастир е построена през ХІ в. и е един от най-старите паметници на средновековната българска архитектура и изобразително изкуство. През ХІХ в. е извършена допълнителна архитектурно-строителна реставрация. По форма църквата е кръстокуполна, почти кубична сграда, изградена изцяло от камък бигор, с три абсиди, без предабсидно пространство и преддверие.
Църквата е изписвана два пъти – през ХІ и през ХІV в. от неизвестен български зограф. От първото изписване са останали фрагменти в дясната абсида, представляващи изображения на св. Йоаким и св. Ана, св. Константин и св. Елена. Стенописите, които са покривали вътрешното пространство, в голяма част запазени и до днес, са от ХІV в. Сред тях се открояват образите на ктиторите – местния феодален владетел деспот Деян, съпругата му Доя, заедно с децата им Витомир и Стою. В реализацията на много библейски сцени се срещат елементи както на източна и византийска, така и на ренесансова живопис. Изографисани са великите празници, Христовите страсти, образите на св. четиридесет мъченици. В най-долния пояс са изписани и едни от най-ранните образи на българските светци Иван Рилски и Йоаким Сарандапорски.
С неповторимата си архитектура и стенопис, църквата „Св.Йоан Богослов“ е ценно национално богатство, чието значение надхвърля пределите на страната ни.