Валежите са предимно от дъжд през ранната пролет и късната есен с изразен ноемврийско-декемврийски максимум, лятото е горещо с редки превалявания. Зимата са възможни температурни инверсии. Градът е разположен на двата бряга на Неврокопската река (наричана още Градската река), приток на река Места, което тече на 3 km от града.