През първия си сезон в Бундеслигата отборът завършва трети и печели втората си купа на страната. На следващата година (1967) правят първото си европейско участие в Купата на носителите на купи. Те печелят първия си Европейски трофей след победа в драматичен финал над шотландския Рейнджърс, на който Франц Рот отбелязва решителния гол в продълженията. Същият сезон отборът от Мюнхен печели трета купа на Германия, но малкият прогрес сменя треньора като на поста идва Бранко Зебек. Той превръща отбора в дисциплинирана машина и става първият треньор направил дубъл – титла и купа на Германия през 1969 г.
През 1970 г. идва друг треньор на мястото на Зебек – Удо Латек. След като печели Купата на Германия през първия си сезон през втората си година начело печели трета титла след драматичен мач срещу Шалке 04, който е първият мач на новият Олимпийски стадион, а също и първият от Бундеслигата предаван по телевизията. Баварците печелят този мач с 5:1 и така затвърждават титлата и няколко рекорда като този за най-много голове в един сезон. Bayern печели и следващите две титли, но зенитът на отбора е през 1974 г., когато на финала на Купата на европейските шампиони побеждават испанският шампион Atletico Madrid с 4:0 в преиграването. На следващата година баварците не се представят убедително на местно ниво, но защитават Европейската си титла след финал срещу английския Лийдс Юнайтед след голове на Мюлер и Рот. На следващата година отборът побеждава френския шампион Сент Етиен на финала в Глазгоу, отново след гол на Франц Рот. Най-големият успех на това поколение идва същата година с финала за Междуконтиненталната Купа, спечелен срещу бразилския Крузейро.
