Bayern Munchen е основан на 27 февруари 1900 г. от членове на Гимнастически клуб Мюнхен. Клубът играе първите си игри в местната Баварска Лига. Първият по-голям успех на Bayern идва през 1926 г. – шампион на Южна Германия, успехът е повторен отново две години по-късно. Първата им титла е спечелена през 1932 г. след победа над Айнтрахт Франкфурт с 2:0 на финала
С повишаването на подкрепата за националсоциалистическата работническа партия се слага край на развитието на клуба, защото президентът (Курт Ландауер) и старши треньорът на баварците, както и много от играчите са евреи. Клубът е заклеймен за еврейски (Jüdenclub), което попречва на развитието му.
След войната Bayern става член на Южната Дивизия на немската Първа Дивизия, която е била разделена на пет части по това време, наричана още Оберлига. Баварците мизерствали и през 1955 изпитали унижението на отпадането в по-долна дивизия. Следващата година, обаче, клубът се завръща в Оберлига и дори печели първата си купа на Германия, биейки на финала Фортуна Дюселдорф с 1:0. Клубът се превърнал в един от водещите, но изпитал финансови трудности и банкрутирал в края на 50-те. Фабрикантът Роланд Едлер дал на клуба нужните пари и си спечелил президентството на клуба за четири години. През 1963 г. Оберлигите били разформировани и се сформирала Първа Бундеслига. Баварците били пренебрегнати от първоначалния състав, но си спечелили промоция в нея две години по-късно с отбор, пълен с млади таланти като Франц Бекенбауер, Герд Мюлер и Сеп Майер – бъдещите звезди на Байерн и Германия.
