Йозеф Хайнкес започва кариерата си като футболист в местния Борусия, където играе в периода 1963-1967 и 1970-1978. С него става 4 пъти шампион на Германия и печели по веднъж Купата на Германия и Купата на УЕФА. От 1967 до 1970 се състезава за Хановер 96. В Бундеслигата има записани 369 мача, в които е отбелязал 220 гола (така става третият най-добър реализатор в историята след Герд Мюлер – 365 гола и Клаус Фишер – 268 гола). Играе в германския национален отбор от 1967 до 1976 г., като печели Европейското първенство през 1972 г. и Световното през 1974 г.
Успехи като футболист:
- Световен шампион: 1974
- Европейски шампион: 1972
- Шампион на Германия: 1971, 1975, 1976, 1977
- Купа на Германия: 1973
- Мачове в Бундеслигата: 369 (220 гола)
- Мачове в националния отбор: 39 (14 гола)
На 25 март 2011 ръководството на Bayern (Мюнхен) обявявава, че Йозеф Хайнкес ще бъде назначен за треньор на отбора от лятото. Хайнкес e в третия си период като треньор на Bayern. В първия си период, от 1987 до октомври 1991, той извежда баварците два пъти до титлата (1989, 1990). През 2013 достига до требъл начело на „баварците“, печелейки Шампионската лига, Бундеслигата и Купата на Германия. След като след края на сезон 2012/13 договорът на Хайнкес изтича, Хайнкес обявява, че слага край на кариерата си като треньор.
През октомври 2017г. Байерн освобождава треньора Карло Анчелоти и назначава отново Йозеф Хайнкес, който се завръща в професията.
Хайнкес има 591 мача в Бундеслигата (до края на 2011) като треньор.
Успехи като треньор:
- Шампионска лига: 1998, 2013
- Интертото: 2003, 2004
- Шампион на Германия: 1989, 1990, 2013
- Суперкупа на Германия: 1987, 1990, 2012
- Суперкупа на Испания: 1997
