В периода 1998 – 2004 г. треньор на клуба е Отмар Хицфелд, който се оказва най-успешния в историята на Bayern. През първия си сезон Хицфелд печели титлата на страната и достига финал на Шампионската лига, изгубен в продълженията от Манчестър Юнайтед. През следващия сезон клубът печели трети дубъл, а през 2001 г. баварците печелят нова титла. На европейско ниво отборът спечелва нова титла в Шампионската лига след дузпи на финала срещу испанския Валенсия, а по-късно и Междуконтинентална купа. През 2002 г. баварците не печелят нищо, но на следващата година правят пореден дубъл. През 2004 клубът се проваля в трите турнира, в които участва – Шампионската Лига, Бундеслигата и Купата на Германия. Това довежда до до края на една ера след уволнението на Хицфелд.
На кормилото на Bayern застава Феликс Магат. През първите си два сезона той печели два дубъла, като води клуба до юбилейната 20-а титла. Третият му сезон е провал и след зимната пауза е заменен от Хицфелд. Въпреки това баварците завършват на 4-то място и не успяват да се класират за Шампионска лига за пръв път от 12 години. В отбора се правят големи промени разделяйки се с половината играчи и привличайки девет нови попълнения.
Междувременно през 2005 г. Bayern се мести на Алианц Арена, построен специално за Световното първенство през 2006 г.
През сезон 2015/16 баварците отново стигат до полуфинал в Шампионска лига, но отпадат с общ резултат 2:2, поради гол на чужд терен, от Атлетико Мадрид. На местно ниво за трети поред сезон Bayern успява да защити титлата си и по този начин се превръща в първия отбор в Бундеслигата, който успява да спечели сребърната салатиера в четири поредни сезона. За Купата на Германия отборът достига до финал и успява да победи големия си конкурент през сезона Борусия Дортмунд с 4:3 на дузпи (след нулево равенство преди това). Bayern завършва сезона с 11-и дубъл.
