80-те са период на неуспехи и провали за Bayern с много промени в организацията и финансови проблеми. Две титли били спечелени през 1980 и 1981 г., но следващите две години отборът не успява да спечели абсолютно нищо. След този период идва бившият треньор Удо Латек. През първия си сезон отборът печели купата на Германия през 1984 г., а в следващите години печелят 5 от 6 възможни титли на Германия.
Големи международни трофеи обаче убягват на немците след като те стигат до два загубени финала за КЕШ през 1982 срещу Астън Вила и през 1987 г. срещу ФК Порто. След титлата си през 1990 г. отборът попада в дупка. През сезон 1991/92 баварците завършват на 5 точки от линията на изпадане. През сезон 1993/94 на треньорския пост идва Франц Бекенбауер, който печели титлата на Германия след 4 години. Тогава Кайзера е избран за президент на Мюнхенци, но клубът не прави големи успехи. По това време играчите му се появяват по-често по жълтите вестници отколкото в спортните, което спечелва прякора ФК Холивуд. През 1996 г. Бекенбауер се връща на треньорския пост. Това повлиява моментално като клубът печели Купата на УЕФА същия сезон, побеждавайки на финала Бордо на Зидан.
