Полезните изкопаеми в Рила са малко. Срещат се магнетитни и златоносни пясъци и флуорит. Край с. Бели Искър, гара Сестримо, Белово, с. Белица и др. се добиват мрамори. Установени са находища на слюди по долината на реките Рилска и Градевска, а бяла слюда се добива при селата Градево и Пастра. Находища на кафяви и лигнитни въглища са разработени край селата Доспей, Боровец, Габровица и Ораново, а на битуминозни шисти – в околностите наКостенец.