Почвената покривка в Рила има добре изразена вертикална зоналност. В нископланинските части на 800-1000 m надморска височина почвите са главно излужени канелени горски, а в среднопланинските — светло кафяви и тъмно кафяви горски почви. По заравненостите на височина от 1700 m до 2100 m преобладават планинско-горските тъмноцветни почви. Териториите над 2200 m са заети от високопланински ливадни почви, а склоновете са покрити със скелетни почви.
