Високопланинският пояс на Рила се отличава с относително по-голяма водоносност, която се обуславя от дълбоко разчленения релеф, гъстотата на речно-долинната мрежа, големите валежни количества, поддържащи висок коефициент на инфилтрация, ниското изпарение, продължителното снеготопене, многобройните ледникови циркуси и езера и торфените покривки по високите била. Подземните води са главно пукнатинни. Най-големи количества се акумулират в гранитите и гранитоидните тела, където се събират студени води с активна циркулация, а в по-дълбоките зони – термоминерални находища. Пукнатинните води се дренират от множество малки и големи извори с дебит до 15-20 l/s, които от своя страна дават начало на множество реки, рекички и потоци. В долините на реките Дупнишка Бистрица, Санданска Бистрица, Манастирска, Отовица, Осеновска и други, както и в езерните циркуси, се намират студени извори с голям дебит. В двата големи гранитни плутона в Западна Рила с обща площ около 220 km2естественият воден ресурс се оценява на около 460 l/s. Високопланинските води са ултрапресни и пресни с минимална минерализация и незначителна твърдост. По химичен състав те са обикновено хидрокарбонатни, сулфатни, натриевиили калциеви. Изворните води във високите дялове на планината се отличават и с ниските температури, дори през лятото се срещат извори с температура около 1-2°C.[18] Добри водни акумулатори са и дебелите торфени покривки върху билните заравнености.[6]
