Минералните води в Рила са свързани предимно с дълбоките разломни структури на земната кора. В подножието на планината извират горещи минерални извори, най-известният от които се намира в Сапарева баня. Водата изскача във вид на гейзер с максимална температура от 101,4°С. Това е най-горещият извор у нас и единственият гейзер на Балканите.[14] Минерални извори са открити още в Благоевград, Разлог, Долна Баня, с. Гулийна баня, Осеново и др.[9][5]
Районът на Костенец е богат на минерални извори с температура 47-73°С. Водите тук са слабо минерализирани, с малко количество радон и много ниска твърдост. Изворите са били известни още в древността, запазени са останки от римски бани и балнеологични съоръжения.[19]
На територията на община Самоков през 1932 г. е каптиран термоминералният извор „Белчин бани“, чиято вода излиза с температура от 37°С и дебит 8 l/s[11], а при Добринище изворът е с 43°С.[11]
Край с. Ярлово са установени субтермални води, а в долината на р. Палакария има перспективи за откриване на минерални води.[11]
