Поради екзарационната дейност на ледниците през кватернера във високопланинските части на Рила са се образували голям брой ледникови езера. От тях по-голямата част са постоянни, около 35 са временни и за всички са характерни малките площ и обем.[9] Обикновено заемат дъната на циркусите, циркусните тераси и троговите долини и са разположени на надморска височина между 2000 и 2600 m. Най-често имат закръглена или елипсовидна форма с малки дължина и ширина, като повечето са с площ под 10 da.[13] Тези води имат значение не толкова с количеството си, отколкото със своето качество и красотата на езерата, която привлича ежегодно хиляди туристи. Веригата на Седемте рилски езера е най-дългата, най-живописна и най-посещавана езерна група.[14] В Рила са описани около 233 езера, от които 189 циркусни, а останалите имат тектонски или свлачищен произход.[5] Най-голямо е Смрадливото езеро, простиращо се на 212 da и заемащо първо място по този показател между всички ледникови езера на Балканите. Най-дълго е Горното Рибно езеро с дължина 801 m. Преобладават езерата със средна дълбочина 2-5 m, като най-дълбоко е Окото (37,5 m), едно от Седемте рилски езера.[13] Най-високо разположено е Леденото езеро (Леденика) – на 2715 m надморска височина, а най-ниско – Сухото езеро, което се намира в Източна Рила на височина 2045 m.[5][15] Голяма част от езерата са групирани и обикновено се оттичат едно в друго — Седемте рилски езера, Урдините,Мусаленските, Якорудските, Рибни езера и други. В Рила се намират още и по-малко известните Вапски, Грънчарски, Джендемски, Казански (Казанчалски), Манастирски, Маричини, Ропалишки, Скалишки (Реджепски) и Чернополянски (Карааланишки) езера. Някои от тях като Паничище в Северозападна Рила са с тектонски произход, образувани при потъването на части от земната повърхност по разседи и флексури.[13]
