Рила е блоково-разломна планина, представляваща сводово издигнат хорст с куполообразна форма, в който се наблюдават две разломни системи — концентрична и радиална.[4] Част е от най-старата суша в района на Балканите — Македоно-Тракийския масив. Планината е изградена основно отметаморфни и интрузивни скали. Ядрото на Рила в по-голямата си част е изградено от гранит. Върху него лежи дебел пласт от кристалинни шисти и гранитогнайси, а над тях на места се срещат пясъчници и конгломерати, резултат от издигнатите терциерни утайки. Следи от тези утайки се откриват в Северозападна Рила на височина до 1900 m. Най-високите части са изградени главно от гранити, а по-надолу следват кристалинни шисти, чиито съставниминерали са последователно наслоени. Представени са от гнайс, слюдени шисти и амфиболошисти. На много места гранитът преминава в гранитогнайс. Тук се намират още мрамори и амфиболити, формирани през палеозоя — преди повече от 250 милиона години и впоследствие при многобройни издигания през периода на терциера. Планината е заледявана на няколко пъти през плиоцена и плейстоцена. Алпийският ѝ релеф е формиран при последното (Вюрмското) заледяване преди 10-12 000 години, когато снежната граница на планината е на 2100 – 2200 метра. Над тази граница ледницитекоренно променят съществуващия дотогава релеф, като образуват дълбоки циркуси (огромни кресловидни вдлъбнатини, отворени от едната страна), остри карлинги (пирамидални върхове), скални зъбери (назъбени била), дълги и тесни трогови долини, обширни морени и други типични ледникови форми. По склоновете на някои долини като Бели Искър, Марица и Рилска река се наблюдават т.нар. висящи ледникови долини — странични долини, разположени по-високо от главната. Дъната на циркусите са заети от езера с ледников произход. В резултат на изветряне са се формирали сипеи с разнообразен характер. В югозападното подножие на Рила под въздействието на ерозията са се образували Стобските пирамиди.[4][5]
Морените в Рила се срещат на височина от 1100 до над 2100 m. Най-ниско са по долините на р. Бели Искър, Рилска река и Марица, а най-високо (над 2100 m) – при циркусните езера. Най-големи морени се наблюдават при устията на реките Урдина, Мальовица, Белишка и др.[5]
Поетапното издигане на планината през различните геоложки епохи и големият обхват на вертикалните нагъвания водят до формиране на пет различни по възраст, височина и обхват денудационни нива.[4]
