Впоследствие Левски е отведен в София, където е предаден на съд. Апостола изгражда защитата си на основите на правата на християните според Хатихумаюна, за да не издаде някого и организацията. Той подчертал няколко пъти, че е търсил законни пътища за изменение на живота в Империята. Левски се разграничава от дейността на Димитър Общи, за да избегне криминални обвинения. Очаквало се Великото везирство да освободи всички освен обирачите на пощата, защото политически процес не е в интерес на Турция и вреди на авторитета ѝ пред Европа.
Комисията за процеса е:
- Али Саид паша,
- Шакир бей и Иванчо Хаджипенчович.
В инструкциите към съдиите е записано да се накажат строго само ръководителите.
В състава на съда са включени и българите:
- х. Мано Стоянов и
- Пешо Тодоров като представители на българската община в града.
Включени са още мюсюлмани и евреи.
Смъртната присъда е издадена на 14 и е потвърдена на 21 януари 1873 г. Процесът завършва, а комисията е иззела функциите на съд, което е недопустимо по законите на самата империя. 60 подсъдими са осъдени на затвор и заточение и двама са обесени — Димитър Общи и Васил Левски. Присъдите са потвърдени от султана по целесъобразност. За да не се навреди на турската дипломация, не са извършвани по-мащабни разследвания и гонения.
